NeuroRadio

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米国シアトル・ボストン在住の神経科学者2人によるポッドキャスト。 最新の研究論文紹介や基礎科学・医学研究に関する(あるいは全く関係しない)雑談、留学情報など。 感想やコメント、質問などはtwitterハッシュタグ #NeuroRadio あるいはinfoあっとneuroradio.tokyoまで。 read less
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Episódios

#82 The Art of Communicating
22-11-2024
#82 The Art of Communicating
鹿児島大学の菅野康太さん(@canno696show)がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録) Show Notes (番組HP): 菅野さん 個人HP 学部HP菅野さんラボHP 奥山氏のNR回 1 2鹿児島大学 法文学部人文学科 心理学コース鹿児島大学 人文社会学研究科公認心理師アカデミックグルーヴ本から派生した法人清水修さんインタビューSYNAPSE lab臨床心理士公認心理師と臨床心理士の違い東大のサイエンスコミュニケーション副専攻田尾さん国立大学の中期計画 3期 4期文系学部不要論の背景(pdf)文科省の釈明(pdf)九大のデジタルヒューマニティズ半分co-メンター:田川さん早稲田大学人間科学部山元大輔先生Satori遺伝子山元先生達によるSatori関連の続報長谷川眞理子先生長谷川寿一先生山内 兄人先生性分化の研究石浦 章一先生による一般向けの本いろいろ菊水先生星野先生岡ノ谷先生苅郷さんの NR回丸山工作先生遺伝研の小出先生高橋阿貴さん武田先生博士の頃のDAT研究 1 2 3音声グルーミング仮説Robin Dunbarダンバー数Nirao ShahICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位USVCAM論文大隅先生個性創発脳の新学術揚妻先生富山大の松本先生産総研の橘さんと一緒に書いたUSVSEG論文DeepLabCut九工大の柴田さん苅郷さん論文で引用されたSocial DefeatはIntruderにICRを使う 1 2エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4AAV関連の巨大グラント学生向けのスクラップボックス石山さんBrechtの研究 1 2嫉妬?の鳴き声動物心理学会タッチモニタを用いたマウス実験系(pdf)編集長である後藤さん九州のアミュプラザ3710LabSILASUかごしま文化情報センター(KCIC)メディア芸術祭山口のYCAMゲンロンのシラスかごしま環境未来館くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー担当している講義の一覧スタンフォード監獄実験ミルグラムの罰を与える実験注:これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。心理学のデータと再現可能性(菅野)マンハッタンで暴動文系のための生命科学岡ノ谷先生の書籍渡辺茂先生脳神経科学イラストレイテッド脳科学辞典ベストティーチャー賞近藤滋先生が自邸で行った研究高木正勝風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画)高木正勝と竹市先生のイベント坂井克之先生高木正勝と坂井先生のトークイベント東北大の長神さん情報学環の佐倉先生toeサイエンスアゴラ
#81 Through the Wire
01-11-2024
#81 Through the Wire
研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録) Show Notes (番組HP): NotebookLM元ラボのポスドクのTweeprintとNotebookLMのBioRxivNeural DynamicsのScientific Advisory CouncilBernard SabatiniPeter DayanLin TianYao ChenMark AndermanJeremiah CohenJeremiah が内田さんのところでやった最後の仕事に対するPeter Dayanの文章:"These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩)Schultz と一緒に仕事してるTheoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural SystemsSfNにプレリミナリーなアブストNathaniel DawIllana WittenFedexでポスター印刷するサービスSfNの特別割引がある(pdf)元D-labの井上さん千歳さんラボPO: プログラムオフィサーK99: Pathway to IndependenceKグラントRutgersが燃えていたツイートの一例五十嵐さんリターン回毎月ミーティングやってるK99出そうとしている人向けのグループ:k99-peer-mentoring-group[at]googlegroups.comこの前録った古館さん回スクールによってはOpenAIのChatGPT Eduが無料CythonMexMatlabはバージョンのアップデートでForループが速くなったPyQt%##じゃなくて#%%ですね汗Neurodata Without BordersGitHubをラボノートブックにBenchlingELNの議論最近のEvernoteDP2DP5DP5はVISAは大丈夫そう 論文パート 論文1:Dimensionality reduction simplifies synaptic partner matching in an olfactory circuitLiqun Luoラボ種による嗅覚系の違いと共通点に着目したレビュー。違いの原因に関するディスカッションは特に見つからず… (脇)過去のSema2b発現量操作による軸索の投射経路操作の論文Toll発現量のグラデ―ションに関する論文この系で使われている軸索の誘導因子の例、例えばTeneurinマウスのHippocampusの激シブdevelopment論文この先報:Teneurinのやつ宮道さんの昔の仕事論文2:The fly connectome reveals a path to the effectomeJonathan PillowFlyWire祭りMotor Cortex祭りBICCN祭り2018年にデータ取得は終わっているDavi Bock (今はThe University of Vermont)Clay ReidのところでV1のEMリコンストラクションをやっていたEditorによる序文Flagship論文 1 2Neurotransmitterの推定 なぜかCellに先に出てたMorphologyからCell Typeの推定構造から機能を推定Sebastian SeungFlyWireのゲームEyeWire論文Anthony Movshonにボコられている動画Samsungにいった?Mala Murthyのトラッキングの仕事、例えばこれJaneliaのFly Hemi BrainC Elegansのコネクトーム*2万5千はJaneliaのHemi Brain、今回は140,000.8000個のCell Type*今回のハエはオスでは無くメスInstrumental Variableの論文2021年のノーベル経済学賞0.01%の”Pair”なので、ある細胞に対して他のニューロンが繋がっている確率としてはおよそ1%、と解釈するのが正しそう。 (萩)SVDはMatrixがNbyNかつsymmetric (Wij = Wji)のとき、eigenvector decompositionとSVDは数学的に完全に等価になります。なので要はSVD、という説明は間違ってなさそうです。(萩)Light Fieldでハエ全脳の活動を見るBuzsakiのLog-dynamicl brainSongさんのシナプス強度のLognormal分布線虫で全細胞をイメージングしながらオプトで操作 普通にNatureでした(萩)DMDMIBLDavid Rowlandのツイート 1 2 Editorial Notes: NotebookLMがXのことをTwitterって言ってるのちょっとおもしろい (脇) K99は通ったわけではない(おそらく落ちてリビジョンする)ので、内容に関しては話半分できいておいて下さい。(萩)
#80 Beyond a predictive machine
19-10-2024
#80 Beyond a predictive machine
古館さん(@ShoheiFurutachi) in-person収録@Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録) Show Notes (番組HP): 古館さん前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2古館さんのNature論文Illana WittenのCognitive Demand論文茨城県の県立医療大学パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf)Mark AndermannHypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、性衝動のコントロールが知られているParkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がるL-DOPAで幻覚千歳さん のNR回河西・柳下ラボOver-Associationを示唆する論文Georg Keller自閉症だと自分をこそばせられる 統合失調でした(萩)自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側?Positive Prediction ErrorとNegative Prediction ErrorについてのレビューOliver Sacks妻を帽子と間違えた男五十嵐さんWellcome Career Development AwardDmitriy AronovVijay NamboodiriMoserラボDMDMの論文のレビュワーコメント(pdf)Karel SvobodaSteinmetzの仕事尾藤先生ASCONALake ConferenceVisual CortexのConnectivity 例えば:1 2FENSMassimo ScanzianiCyril HerryLetzkus内田さん天羽さんSfN 2024PrincetonのTigerBrainSWCもやってるEmerging Neuroscientists Seminar SeriesCarlos BrodyDavid TankJonathan PillowNathaniel DawAnnegret FalknerTatiana EngelグローバルCOE(pdf)石川冬木らによるテロメラーゼ遺伝子TLP1のクローニングKrakauerSherringtonian vs HopfieldianのレビューUCL OphthalmologyCarandiniAndy PetersAce HotelGilles LaurentMPI Collective BehaviorIain Couzin100匹くらいの魚とかMedian Rapheの仕事Matt Lovett-BaronDeisserothLosonczy魚を始めた伊藤さんChris HarveyNoah PettitSelmaan ChettihChristopher ZimmermanScience Eppendolf PrizeZachary KnightCTAの仕事について話した回 番組で扱ってたのを忘れていた(萩)宮道先生のTRAP(初代)五十嵐さんのタスクNelson SprustonのタスクpaAIP2稲垣さん小宮山ラボ服部さん(現Scripps)のNN2023大木研村上さん医学部の機能生物学セミナードイツの戸田さん伊丹十三のエッセイ:この2つのどちらか 1 2黒田さんと中野さんのNR回大木研のLP林-高木先生ダルメシアンの図 Editorial Notes: ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古)dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩)超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇)
#79 The Wizard of Fz
15-09-2024
#79 The Wizard of Fz
Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年1月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録) Show Notes (番組HP): 齋藤さん過去回 1 2齋藤ラボ理研ECLページでの紹介齋藤ラボ公募ページ(研究員・特別研究員)齋藤ラボ公募ページ(パートタイマー・アルバイト)理研 和光キャンパス 開拓研究本部トークしたイベント濡木先生西増先生井上梓先生古館昌平さんの回 1 2 論文パート Fanzor論文最近のCell論文Feng ZhangラボCas9ゲノム編集論文Cas9ゲノム編集@ヒト細胞 1 2Cas12Cas13Cas9祖先トランスポゾン論文Eugene KooninOMEGA論文CASTホーミングについての齋藤さん前報平野清一さんのIsrB構造論文ゲノム編集で病気も治るようになってきたトマトでGABAを増やす魚で白身を増やすJennifer Doudna達のFz論文IS (Insertion Sequence):転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。IS200/IS605IS6072013年のFanzor命名論文AlphaFoldOmar Abudayyeh(おまー)Jonathan Gootenberg(ぐーばー)合同ラボBioRxivのプレプリントHERMESSamuel SternbergのHERMESイジりScience Advances論文TnpBのペーパーVirginijus SiksnysKavli賞SoumyaHan毛みたいなほわっとしたカビATCCツボカビSpizellomyces punctatus濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係:これのcSpuのめっちゃ綺麗な末端配列:これのaツボカビにも一応エレクトロポレーションはあるPAM(Protospacer Adjacent Motif):CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。TAM(Target-Adjacent Motif):OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている:これのaPeel-and-paste:これのbSam SternbergのSelfish Spreadの論文(機構はFig. 5g)転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文OMEGAのペーパーが出た時のNews and ViewsRobert DesimoneRSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページCSHLのCRISPR MeetingHanのTnpBのペーパーCRISPR nuclease-protease加藤一希先生Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文StreckerのCAST論文Peiyu XuGuilhem FaureCOVID-19で一緒に働いたJulia Joungの転写因子アトラスMax WilkinsonのR2論文R2レトロトランスポゾンのレビューR2を使った挿入ツール 1 2David LiuDavid LiuのtwinPEOmar + Goober のPASTEPASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向Jonathan WeissmanCas活性のパラメータについての仕事の一例登さんDeliveryの話、例えばコレ昔のラボメンはK99取ってたマイキーのPEG10 ジョブハントパート 小関先生医科研のUTOPIA早稲田にいた時の自分の指導教官UTOPIAについて一応調べた(100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤) 東大の真下先生Cas3の論文五神真先生大阪大学の蛋白質研究所定量研と卓越研究員制度今年は加藤セチプログラムのみMax君は本当にすごいRockefellerインタビュー6人中2人がうちのラボKalliHelen Hay WhitneyHanna GrayAviv RegevXiaowei ZhuangAdam CohenマイキーのラボMax Wilkinsonの出身ラボKalliの出身ラボ 独立後の計画 Joshua WeinsteinDNA MicroscopyPatrick HsuBridge RNA宮脇さんが有識者の回有識者会議科研費倍増への運動後藤由希子先生Kendallスイスで会ったギタリストの友達本田圭佑HFSPミーティング長田重一先生アポトーシスの写真二階堂先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします!(by齋藤)加藤英明先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします!(by齋藤)奥山先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします!(by齋藤)Susan GasserPatrick Matthiasアセチル化やってた論文吉田稔先生古細菌テーマ@HFSP二段階になったHFSPフェローシップ申請(このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals)Yi Zhang小嶋さん寺坂さん松田真弥さん松本さん古館さんのNature論文長井淳さん 飲みましょう!!!(by齋藤)齋藤さんMITのアドレス Editorial Notes: 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族(TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007)(齋藤)理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原)Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非! (宮脇)
#78 It's all mental
03-09-2024
#78 It's all mental
神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録) Show Notes (番組HP): 日本神経科学会奨励賞一個下の後輩、村上さん元ボス(大木先生、が授賞式に来ていた)元ボス(アンドレアス、が裏枠でトークしていた)のシンポジウムNeuroscience Researchに出した論文長谷川さんの前例Andrew Holmes北沢さんとのシンポジウム北村さん尾藤先生Michael GreenbergのBrain Prize Lecture後藤先生五十嵐さんが言ってた回今井さんが見つけてきたお店長崎の平和会館佐藤達雄さんCarandini佐藤さん主催のサテライト企画Greg Stuart安田さんLetzkus et al. 2011Kampa and Stuartの論文田川さん奥野さん知覧特攻平和会館虎に翼 NHKオンデマンドをAmazonプライム経由で観てます。(VPN必須) (萩)日本初の女性裁判官、三淵嘉子さんについて 宮台真司先生 が悪いというわけではなく、ミサンドリー感情(+α)をフェミニズムと自称して活動する流れが問題なのであって、それを本来のフェミニズムと明確に区別して排除しよう、という意図での"クソフェミ"呼称であったという理解。 (萩)Jay ShendureNeuroTreeGeorge Churchのページボストンでもオーロラが見えたオーロラを観にこの温泉に行きたい (萩)PaperpileSigmaPlot 文献紹介パート: 文献1:Synthetic G protein-coupled receptors for programmable sensing and control of cell behaviorAlice TingYulong LiKORDSPARKCAR-TSynNotchTRUPATHアッセイTurboID文献2:Neural circuit basis of placebo pain reliefGrégory Scherrer数年前のPainに関するミニスコープの仕事Analgesia: 鎮痛プラセボと治験についてのレビューFos TRAP初代 二代目von Frey試験含め疼痛評価法いろいろ (pdf)PnはCortexと小脳を繋ぐ重要な中継核Stress Induced Analgesiaはオピオイドが関与NPAS4 TRAPの論文Spontaneous ActivityによるHebbian PlasticityEmillianiのScanlessでオプシン型GEVIでも2p イメージングAdam Cohenの方MECのLeft-right-alternating theta sweepsLECのイベントストラクチャー表象 Editorial Notes: 朝ドラ、ちなみにリーガルハイの2期を観ていた人には要注意。岡田将生が近しい文脈で全く違うキャラで出現するので混乱します。(萩原)掛け算ができない…小学生からやり直します。Pontine Nuclei, 麻酔賭けた時にこの領域が活動しているのかちょっと気になります (宮脇)
#77 Timestamping academic life events onto podcast sequels – Part 3
19-07-2024
#77 Timestamping academic life events onto podcast sequels – Part 3
定期ゲスト、デンマーク・オーフスの北沢太郎さん(@kitazawa_taro )。Neuro2024での記憶シンポジウムの宣伝、ラボ立ち上げから2年での進捗、初FENS参加など (7/11 収録) Show Notes: 北沢さんラボ Neuro2024のシンポ (2S06a, 7/25 木曜日 16:00-18:00, 第6会場) Yingxhi Lin (“UTさうすうえすたん”ね。”てきさすさうすたん”てなんや...) 北村貴司さん 北西祐貴さん (後藤研メンバー) Michael Greenberg御大 ERC さきがけ (PRESTO) LinのBiorxiv Lin のNpas4 Cell 2020 論文 Sheena Josselyn / Paul Frankland Sadegh Nabavi 伊藤夏穂さんのポスターは初日 (7 月24日午前 1P-179) DANDRITE Scientific Advisory Board (SAB) Meeting Greenbergの2014 (Malik et al.) Seattle Hub for Synthetic Biology Jay Shendureの論文(Choi et al., 2022) Jesse Gray この人もGreenberg系列。一瞬独立してKCl-IEG実験(Tyssowski2018)とかやってたが気づけばなぜかAllenにいる。 Chao Sun エリンシューマン Anna Klawonn 米原さん フィリッポ オーフス大学 BGI Greenberg Fos engram 論文 1, 2 Fens Kavli Network of Excellence Ryohei Yasuda Peter Scheiffele Yang Dan Ole Kiehn FENS2024 ウィーン  Alice Ting Brain Conference 古館さん いまスペインに旅行いくと水かけられる Barcelona anti-tourism protesters fire water pistols at visitors (CNN) FENS2026はMadridらしい 池の平ホテル Editorial Notes 「白樺リゾ~ト~池の平ホテル♪」のCMでおなじみの池の平ホテル、実家のわりと近くですが行くのは初めて。涼みながらデスクワーク出来そう (北沢) シンポジウム盛会を祈念しております!しかし2年でこんなに進んでるの流石すぎます(脇) 福岡でお会いしましょう。「NR聴いてます」ではなくて「論文読みました」(隠語)といって声かけてください(萩)
#76 Getting Out of the Comfort Zone
14-07-2024
#76 Getting Out of the Comfort Zone
UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)再登場。転職活動振り返り、次に出る論文のSneak peek (詳細はNeuro2024のセッションにて)、R01グラント審査の実際&それを踏まえた書き方戦略講座、若い人へのメッセージなど (7/6 収録) Show Notes (番組HP): 五十嵐さんラボ五十嵐さん回 1 2,3 4Richard TsienPaul Glimcher Neuroeconomicsの教科書に結構影響をうけたので残念...(萩)Nicolas Tritschこの前Nature出てた坂野先生2020と2021に出た論文尾藤先生@Committee ChairHannah Monyer北村さん最初の大学院生がPhDを取ったHeechul JunJason Lee横山先生(pdf)山本先生吉田豊さん内田さん加野真一さん森下博文さんAttila LosonczyHard money vs Soft money (pdf)ノルウェーのボス学士院の賞訴訟に関する記事 訂正:BrandeisではなくTufts井上夫妻回 1 2 3 4千歳さん回五十嵐さんのジョブハントメモBonhoefferの論文Earl Miller五十嵐さん達のNeuro2024でのセッションRbp4-creなどについてのGENSAT論文MECからのPerforant PathをLesionするとCA1のPlace Cell場所受容野が曖昧になる ※ただしGrid Cell阻害実験の解釈は分かれている?:Leutgebのこの辺りの論文 1 2海馬からの興奮性入力がGrid cellの発火パターン形成に必要伊藤さんのNucleus Reuniensの仕事MECの恐怖記憶への関与を調べた北村さんの仕事 その続報  prefrontalの関与Hongjun Song藤澤さんAntonio Fernandez-RuizNoah GrayASCONA meetingRobert DattaShohei Furutachiさん回 1 2Lake ConferencesGordon の Basal Ganglia彦坂先生金子先生松田先生のJN柳下先生北欧のドーパミン学会IBAGSDayanGordon の Frontal CortexBruce McNaughton40 Hzの話アナベルLi-Huei TsaiBuzsakiが出したああいう論文Gordon のNeurobiology of CognitionDesimone宮下先生Brain Initiative 40 % カットNIANIMHEarly Stage Investigator (ESI) PoliciesLMDNのスタディセクションNIH RePORTER小宮山先生CDINNSFLake ConferenceのDisease focusedな回Menno WitterTed Jones安田先生のブログポストNIHのeRA commons参考:R01で査読者から貰うサマリーステートメントの例 (某ラボの公開gdocs)参考:R01アプリケーションのサンプル (pdf)PO: Program OfficerU01PIvan SolteszGary Lynch海軍のグラントOffice of Naval Research神経科学の達人での講演薬理行動薬理若手研究者の集いでの講演本庶先生の私の履歴書羊土社の留学対談その1 その2日本学生支援機構の海外留学支援制度 Editorial Notes: 前回話させてもらったのがついこの前のように感じるのですが、3年も経ったとは。月日が過ぎるのはあっという間ですね。宮脇さん萩原さん、NeuroRadio三年間お疲れさまでした。研究者というのは楽しくも、つらく苦しい人生だと思っていましたが、テニュアがもらえると心の安寧が得られ、見える景色がだいぶ変わってきます。でも、人生で一番ダイナミックだったのは大学院生・ポスドク時だったのも事実です。みなさん、今を頑張ってください!Carpe Diem!! (五十嵐)非公開アフタートークも楽しかったです、五十嵐さんありがとうございました!(脇)カレルは「俺は人生で一度もテニュア持ったことないぞ」っていつも偉そうに言ってます(萩)
#75 Dreaming of dreams
02-07-2024
#75 Dreaming of dreams
Northwestern Universityで来年1月から独立する千歳雄大さん(@yutasenzai)さんがゲスト。BuzsakiラボでのPhD、Scanzianiラボでのポスドク、ジョブハントで苦労したこと、独立後の研究計画について伺いました (6/20 収録) Show Notes (完全版): 千歳さんラボHPScanziani labBuzsaki lab千歳さんに部屋を貸してもらった回河野憲二先生小川正先生成宮周先生古屋敷智之先生Michela GallagherDenis Pareユーリ: ブザキのこと藤澤先生水関先生Eran StarkOLM cell specificなCreラインPhD時代の論文その1:Mossy Cellの論文DRD2-creでMossyがラベルできる、の論文POMC-creでGCラベル、の論文NeuroNexusのBuzsaki シリーズを含むカタログ(pdf)電気生理的な特徴でGranuleを分離する、の論文 ”To our knowledge there are no electrophysiological characteristics with conclusively identify a neuron as a granule cell. In conclusion, it will be necessary in future work to use mode refined neurophysiological criteria combined with anatomical marking techniques for classification of dentate units.”B2B2BになったLosonczyの論文とKnierimの論文PhD時代の論文その2:V1で層の特徴量を見つけた論文Antonio Fernandez-RuizShawn Olsenの論文ポスドクでの仕事SC-postrhinalを調べた論文Mu-ming PooとYang DanのActivity recall論文Adrien Peyracheの、REM睡眠中Head Directionシステム論文Robert Wurtzによる、サッケードを生み出す回路のレビューRoger NicollPontine waveとREMGilles LaurentReptileにおけるmidbrainのinterhemispheric competitionへの関与井上夫妻のZoomミーティングに関するアドバイスの回 およびノートFeinberg School of Medicine2pImagingは結構decodingできる (from 大木研)西本さん神谷さん睡眠中のGrid cellとHDとのcoordination Editorial Notes: 今回はこのような機会を頂き大変ありがとうございます。僕自身、大変楽しませて頂きましたし、これまでのことやこれからのことを考え直すいい機会にもなりました。Northwestern大学で来年1月からLaunchする研究室では、一緒にサイエンスを楽しんでくださるポスドク、学生、ラボテクを絶賛募集中ですので、興味があればいつでもご連絡ください!(千歳)日常会話で海馬の豆知識を出せるようになりたい (脇)なんでデニパレさんのとこには行かなかったのかをきくのを忘れました (萩原)
#73 The yellow light for RdLight
26-03-2024
#73 The yellow light for RdLight
健康診断、3年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録) Show Notes (番組HP): たち:白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど)コメント募集!のGoogle FormQuerie.me3年めのJ1ポスドクのタックスリターンIRSのExemption 記述その1 vs  記述その2SPRINTAX ReturnsとCalculus税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事7000ドル追加徴税の回日米租税条約第20条廃止について:1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい?JHUがまとめたフェローシップリストNIHグラントのEligibilityUSCIS: 米国市民権・移民業務局のことJetstreamの芯が国際規格に 6年前でした宮脇が使っているLAMY の万年筆Faber‐CastellのE-Motion all black萩原さんが想定していたLAMYの万年筆 (サファリ)ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000ペン回しの技一覧さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。ぺんてるのシャープレット クリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。 文献紹介パート 一報目:Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNAArc InstitutePatrick HsuSilvana Konermann西増先生マイクロスケール熱泳動Evo二報目:Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’Nicolas TritschMohebi et al のAccumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivationFrenemyBernardo Sabatini とTritschのb2b natureDana et al.,のjRCaMP1a, bとjRGECO1a Fig2-Supple3,4がPhoto-switchingのFigErratum (出版社側のミスの訂正)というよりはCorrigendum(著者側のミスの訂正)でしたSchultzのRPEメンデル捏造?に関する議論のまとめ赤色dLightMohebi & Berke のNature論文Azcorra et al., Awatramani と Dombeckの論文内田さんの論文最近Stephan Lammelが出したNature Neuroの論文一人で訂正これでこれを訂正したと思っていましたが、自己訂正というよりかは、StuberとDAT-Cre vs Th-Cre でやり合っていた感じでしたVoltage IndicatorのPhotoswitchIRを一緒に当てると褪色が遅くなるKaedeCAMPARIX-CAMP RRCaMP3 Nature Methodsに掲載 (3/21)初代mScarletKaesarのドパミン軸索でのaction potential initiation by Cholinergic inputStephanie Cragg三報目:Most axonal mitochondria in cortical pyramidal neurons lack mitochondrial DNA and consume ATP平林先生Bio-stationさんのポッドキャストFranck Polleuxラボ田尾さんのミトコンドリア局在と軸索分岐の論文もう一報出てたやつ:Polleuxラボからでした本来のScanning Ion Conductance MicroscopySypHeriATPSnFR Editorial Notes: ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇)引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩)
#72 Collaborative professionalism in neuroscience
20-02-2024
#72 Collaborative professionalism in neuroscience
北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録) Show Notes (完全版): 大久保さん個人HP吉良さん@Chris Harvey Lab計数工学科Michael Fee labFeeラボでのNature論文の日本語版解説FeeラボでのNeuron論文の日本語版解説Rachel Wilson labNeuron論文Pattern RecognitionとMachine Learning (PRML)パターン認識の教科書の表紙Parallel Distributed Processing (PDP): 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。Paul Churchland の本The Engine of Reason, the Seat of the SoulPatricia ChurchlandMark ChurchlandAnne ChurchlandTerrence SejnowskiThe Computational BrainDmitriy AronovのScience論文(HVC破壊してもSubsongは残る)COSYNETemperatureのやつ鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連などJesse GoldbergのDopamineがPerformance errorをコードしている論文親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始めるGenetic Dissectionのレビュー論文 2008Andreas Luthiと David Anderson のb2b 2010ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuronというのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降(ここ10年)解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。 麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事並木さんの下降性ニューロンの仕事 実際split-Gal4作りがうまくいくと(2つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると)、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニューロンレベルで解析できるのが良いところです。もちろん一つのセルタイプに複数のニューロンがあることもあるので、その場合は同じセルタイプ内では区別はできませんが(大久保)ちなみにこのビデオがhemibrainというEMのデータから再構築されたニューロンのギャラリーで、一個のcell typeに名前がついていて、ユニークな形をしているのが分かりやすいと思います。このユニークな形のおかげで、EMのデータとsplit-Gal4を作る際に撮った光学顕微鏡のデータのマッチングは非常にうまくいっていて、同じニューロンを両方のデータで見つけられます(大久保)髭さんのキノコ体の電気生理の仕事並木さんの下降性ニューロンの仕事ハエのConnectome論文 Central Brain Whole Brain大学院生がやった行動実験の仕事(嗅覚と風を検知する機械受容覚にコンフリクトがあった場合、機械受容覚に従う)Vivek Jarayamanの仕事ハエDual Patch, 隣の大学院生がやった運動に関するニューロンのdual patchの仕事ハエのTriple Patch: このWilson研の大学院生の仕事のFig. 4ではシナプス結合している3つのニューロンからのin vivo同時記録という超絶技巧あり!Janeliaがハエのラインをリリースした(Split-Gal4)風間さんWade RegehrBernardo SabatiniChris HarveyMichael Greenberg北京脳科学研究所の組織図メンフクロウの音源定位のレビュー この頃のScientific Americanは分野の第一人者が平易な文と分かりやすい図でレビューを書いており、素晴らしいです。鳥と哺乳類で音源定位の神経回路は似ているか?小西正一先生のobituaryMatt WilsonJosh (Siegle)CIBRでのPI公募The Transmitterの神経科学における専業に関するオピニオン記事Jakob VoigtsOpen EphysDeepLabCut (DLC)Advanced Technology TeamImage Analysis Collaboratory @ HMSInstitutional KnowledgeInstrumentation Core @ HMS北京脳科学研究所のInstrumentation CoreAquiNeuroCyril HerryFixstarsOpenScopeJérôme LecoqMark Schinitzer異なる個体においてもニューロンの集団活動のダイナミクスが似ているSegment Anything (Zero-shotで画像のセグメンテーションを行うモデルの例)DeeperCut Editorial Notes この度は貴重な機会を頂き、有難うございました!過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保)自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇)生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原)
#71 My Favorite Things 2023
18-01-2024
#71 My Favorite Things 2023
新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録) Show Notes (番組HP): 震災関連の寄付窓口まとめ最近のエピソード〇〇を救いたいNeuroRadioへのお便りフォームQuerie Tips研エンさんの、おたよりフォームOverleafDiscoverabilityとEnforceabilityについて言及した記事Science Advancesにのったやつについて扱ったNeuroRadio回ニコラス就職K99/R00去年の年始回 2023年宮脇お気に入りアルバム 10選 Favorite Album 2023まとめツイートSufjan StevensのJavelinIllinois Apple Music SpotifyCall Me By Your Nameで使われてた歌ギランバレーになった10: Deena Abdelwahed - Flagranti (EP)FlirtHeba KadryYMOのAbsolute Ego DanceJbal Rrsas 9: Ricardo Dias Gomes - Muito SolMenosJoao GilbertoStan GetzNara Leao 8: Laurel Halo – Atlas Apple Music SpotifyLate Night DriveHyperdubLucy RailtonJames UnderwoodRyoji IkedaAlva Noto 7: Headache - The Head Hurts but the Heart Knows the TruthBucket ListenerVegynFrank OceanのBlondeBlonded RadioPLZ Make It Ruins 6: Model/Actriz – DogsbodyAmaranthSteve AlbiniのBig BlackRapemanShellacArca 5: Sanam - Aykathani MalakonBellCANFaust 4: Ali Sethi & Nicolas Jaar – IntihaMuddatNicolas JaarのTelas Apple Music SpotifyZiggy Stardust Apple Music Spotify 3: Goat - Joy in Fearプロモ映像Kraftwerk Man-Machine Apple Music SpotifyWeired Fishes / ArpeggiboomkatKakuhanのMetal Zone Apple Music Spotify 2: Titanic – VidrioAnonimaMabe Frattiの作品ラジオのようにLife Without Buildings 1: Bendick Giske – Bendick Giske AppleMusic SpotifyRushBeatrice DillonSteve ReichのIt’s gonna RainPharaoh SandersAlbert Aylerその後につづいたシングル 曲も良いですが “See on both sides like Chanel” が秀逸すぎてハマりましたDissect podcastのBlondeに関するシリーズ 2023年萩原おすすめYouTube 5選 1: パワーチューブ おすすめ動画: 2023年最新!ベンチプレスの【基本】はこれで分かる!日本王者解説!牛山選手SBDが主宰するシェフィールド 2: Jeff Nipperdおすすめ動画:How To Train Like A Minimalist (More Gains In Less Time)BroscienceProgressive Overload今古賀翔走ることについて語るときに僕の語ること 3: 散財小説ドリキンおすすめ動画:「本日最終日!ゼンハイザー e935 vs e945 vs Shure MV7 仁義なきサイドバイサイド比較」第2086話おしりが洗えるシャワーを取り上げたNR回U87Ai, SM7B, Beta58A, EarPodsRebuild.fmどりきんさん回まとめ 4: ReHacQ−リハック−おすすめ動画:【最先端!快眠の科学】Google賞金4.5億!天才睡眠学者が登場【常識覆す研究】日経テレ東大学菅前総理回国民民主党の党首回新NISA回山崎元氏による新NISA解説 5: 小倉知巳のイタリアンプロ養成講座おすすめ動画:ミシュラン1つ星イタリアン店の「スパゲティ・カルボナーラ」【#イタリアンプロ養成講座 vol.8】Regalo落合務のパーフェクトレシピ戸羽シェフのチャンネルに首つっこんだ回ステッカー試作品 Editorial Notes: 今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇)2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言ってた (萩)
#70 Transmission
19-12-2023
#70 Transmission
有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録) Show Notes (番組HP): 雑談パート グローバル・スタートアップ・キャンパス構想に関する有識者会議齋藤さんNR回 1 2使った発表資料(pdf)Nature Biotech のChurchラボに関する記事 (pdf)ヴィースのHow We Workヴィースのしくみに関する記事Business Development人材のリストAllen +UW+CZIのSeattle Hub for Synthetic BiologyJay ShendureDavid BakerRui Costa浜崎さん林さん浜崎さんの歴史的な仕事コンデンサマイク vs ダイナミックマイクBlue YetiBrooks Brothers破産今年のBlack Fridayはそんなに良くない?:10月からの割引が結構あったという話らしい?Shure MV7Shure SM58Shure Beta 87Aイアンの回昔の北沢さん回MOTU M2Shure SM7B(Geforce RTX) 3090Neumann U87 AiU47 Frank OceanがBlondeのレコーディングで使用Jeremiah CohenUWのEric Shea-Brown豊泉さんStefan MihalasMindScope終了Shaul Druckmann最後の方の稲垣さんの仕事Sandro RomaniM3 Pro Max 論文紹介パート 論文1:Estrogenic control of reward prediction errors and reinforcement learningChristine ConstantinopleラボRandy BrunoラボBrunoラボ時代の仕事Thalamo-cortical Axonのターゲットlayerは皮質によって異なる (モダリティではなく一次/二次感覚野の違いでした 脇)Bruno、ポスドク時代の超絶技巧Larkumラボの上だけ止めるmanipulation:たとえばコレのBaclofen局所投与BrodyラボBrodyの所で出した論文 1 2塩野七生ローマ人の物語コンスタンティノープルの陥落中島さんのCellの仕事さやかさん回 1 2 3 4タスクの詳細が載ったNature Communicationsの仕事Silvia Arberoptogenetic activation assesses what a neuron can do, but not what a neuron does doさやかさんの論文AllenのABC AtlasGPCRのInternalizationによる不活性化DATのアンタゴニストGBR 12909柳下さんの一連の仕事 – Slice: 1; Behavior:2George AugustineErwin Neher細胞内カルシウムのモデリングの仕事論文2:Engineering self-deliverable ribonucleoproteins for genome editing in the brainDoudnaラボSV40 NLSをつけるとそのまま入る、の論文Cell Penetrating Peptide に関するレビュー筆頭著者が同時に出していたLNPによる投与のプレプリントBroadの人達がやっているデリバリー 1 2 3論文3: Full field-of-view virtual reality goggles for miceDaniel DombeckDavid Tank2光子顕微鏡の下でマウスを走らせたNeuron論文 (2007)海馬での応用が2010 NNChris Harveyの仕事Moserとかがオーサーに入ってる、VR使用時の注意点ディスカッションZemax論文4:Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell typesLoisa CochellaMime seqその1 in Nat MethmiRNAによるAstrocyte以外でのTransgene分解glycolRNA Cell 2021Bertozzi筆頭著者のRyan Flynn続報プレプリントBertozziは元々糖鎖合成の化学者でした論文5:Rats respond to aversive emotional arousal of human handlers with the activation of the basolateral and central amygdalaハンドラーの性によって行動が変わる、の論文ラット、かくれんぼするラット、くすぐられて笑うBrechtContributed Submissionがなくなった? ->嘘でした、まだあります。 Editorial Notes: マイク沼、CPU/GPU沼、対物レンズ沼は奥が深そうで怖い (脇)昔はひたすらマーガレットおばさんのシャツとニットを着てましたが、体がデカくなって着れなくなったので全部捨てて、以降ほぼ全部ユニクロ(か山系)です(萩)
#69 PhD programme at the Centre
30-11-2023
#69 PhD programme at the Centre
University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim)  ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録) Show Notes (番組HP): 中野さん黒田さんOptical BiologyのPhDプログラムSWCのPhDプログラムTom Mrsic-FlogelラボTim Behrensラボ 1 2Lucy (Rotten Tomatoes)黒田さんがラマンをやっていたところUSMLE水島研大木研Elective Clerkship(エレクラ)体験談いろいろMatteo CarandiniKenneth HarrisCortex labIsaac BiancoFlorian EngertAndreas Shaeferクリック研究所のNeuroscienceKing’s College LondonJeffrey ErlichCarlos BrodyAthena AkramiLabVIEWBpod (中身はただのTeensy的なマイコン)PyBpod (全然メンテされてなくて微妙)Bonsai HarpGonçalo GuiomaAllen が引き抜いたBruno Cruzの論文とかIvan VoitovIvana Orsolic et al., 2021 NeuronTeensy (Arduinoの.inoスケッチで動くマイコン。CPUがArduinoに較べて謎に強力)AruduinoMaxime RioIBLIBLのHarpによるBehavior controlChampalimaud (IBLの出資元)SLM (Spatial Light Modulator) 解説Michael HäusserAdam Packer 2015Deisserothが使っているAll Optical Physiology用顕微鏡Thomas AkamMohamadyによるプレプリントTimが最初にやったNose Pokeの仕事Cambridge ProbesGPCRのInhibition PdCO2p SLMでのGtACRを使ったinhibitionは一応あるがまだbiologyには繋がっていない服部さんのpaAIP使った仕事古館さん回 1 2Sonja HoferSWCの顕微鏡チームTroy MargrieRob CampbellBruno Pichlerの会社INSSCOSYSのDaleさんTiago BrancoSWCのウイルスのコアSNTN (Systems and Theoretical Neuroscience) 20/21年版Marcus Stephenson-JonesTom OtisAngus SilverKennethのNeuroinformaticsコースClass PageKen Harris のnonsense correlationイメージングとTranscriptomeの対応Yoh Isogaiラボ (現Allen)Gatsy Computational Neuroscience UnitPeter LathamManeesh SahaniJohn O’KeefeTiago のSynaptic ThresholdGoal/SubgoalSCGeorg KellerKarl Lashley (タスクが難しすぎる&マルチモーダル過ぎたのが敗因と解釈されることが多い)Rainer Friedrich元々DTIをやっていたMark WaltonTolman-Eichenbaum Machineの論文James Whittington金森さん2011年のHo Ko論文Ho Ko labAndy Murray labデスク含め全てが波打っているSpareRoom Editorial Notes: LUCY観た人いたら連絡してください笑(中野)Georg推し人間みたいな感じになってしまいました(黒田)2人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです(脇)新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました(萩)
#68 Foraging under the Sun
22-11-2023
#68 Foraging under the Sun
UF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori,  gmail) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など(11/10 収録) Show Notes (番組HP) 服部ラボHP服部さん過去NR回最近のMetaRL論文DEA:麻薬取締局のこと(Breaking Badのハンクが働いてるところ)服部ラボ求人広告Florida Atlantic UniversityのHonor college(FAUの成績優秀者が通うキャンパス)がUF Scrippsの隣にあるU-HAUL 大手引っ越し業者U-box2P-RAMDiesel2pFirst Author の Che-Hang YuINSSBruno PichlerCOSYSSpencer Smithさん達の会社フロリダの魚数回落ちてる過去出演者SFARIのエリジビリティ小宮山先生最初のCellKen Harrisの nonsense correlationPatchWarp 論文Community Review (今はMulti-Journal Submission)Heliyon 確認したらHeliyonはCommunity Review / Multi-Journal Submissionの対象外でした。 by 服部Cell Reportsシリーズ:一応Cell Reports(生物学的発見)でカバーされない分野の論文のためのジャーナルらしい。Physical ScienceとかSustainabilityとか「細胞」関係ないやんって思いますが by 服部これより前のNeuron論文Matthew Botvinickが提唱したMeta-reinforcement learningUC バークレーのグループによるものA2CJeremiah CohenYasuda先生のラボが開発したpaAIP2サットン本Deisseroth のOFC論文StuberのOFC論文JeremiahのNeuron論文 (Bari et al)JeremiahのbioRxiv論文SfNのDeisserothラボ左右ForagingDavid SussiloD-labのRetrosplenial論文NeuroSarの手術ロボットRWDの手術ロボットMackenzie Mathisフロリダ大学のスパコン  NVIDIA A100 GPUが1,120枚入っているのでAIのトレーニングに便利です by 服部 Editorial Notes: また呼んでいただきありがとうございました。後半のサイエンス部分は近い分野以外の人からしたらワケワカランかもですが、マニア向けということで・・・。ポスドク希望の方はメールでお問い合わせください!(服部)手術ロボットの最適化、ある意味で強化学習の強化学習って感じがします (脇)僕は爬虫類やや苦手です(萩)
#67 You've come a long way
21-10-2023
#67 You've come a long way
Lake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録) Show Notes (番組HP): Lake Conferencesトゥーンでの開催ASCONAPico CaroniSilvia ArberRainer Friedrich元ボスゲオルグRui CostaDeepLabCutのMathisBrain Behavior Observatory (BBO)IBLEnhancer-AAV その1 その2 その3千歳さん第一回論文紹介SfNでの発表 トーラスの発達含め他のポスター群も面白そう 脇エントライナルを潰しても場所細胞は残る by ロイトゲブ・ロイトゲブ  ムシモルじゃなくてNMDA lesionでした 萩エントライナルのグリッドの形成が場所細胞の形成より遅いLeutgebのレビューNR(Nucleus Reuniens)からの場所情報コード acuteでのdisruptionはリマッピングにしか影響なさそう 脇Ilana WittenAndreasラボのCTA論文ZimmermanさんScott SternsonYuki OkaZachary Knight一番搾りの写真五十嵐さん吉良さんHide Inagaki氏Rajesh RaoさんPredictive Codingの伝説的なNN論文古館さん回 1 2Arisの論文 2012 Neuronはゲオルグ筆頭のやつでした… 脇DJ Club新築の建物Dissect PodcastIn RainbowsHigh and Dry 実際の歌詞は don't leave me high/dry なのですが、なんか通じましたね笑 -確かに!Don’t let me downのルーフトップコンサート Let it beセッションの収録だがGet backのB面SpotifyでPodcastの中に音楽埋め込みができるSpotifyのドキュメンタリードラマ戦場ポスドク氏回Ofer YizherのTwitterで外人ポスドクがEvacuateしている様子Harvardが声明文出すの遅くて抗議されていた 論文紹介パート 論文1:ATLAS: A rationally designed anterograde transsynaptic tracerDon ArnoldラボAAV1YFV-17DNeuroRadioで扱った回Intrabodyとは10th Fibronection Type 3mRNAディスプレイ(in vitro virus)の根本先生による日本語解説FingR論文使われているAnti-Creの抗体AAV2-rgのトロピズム、これのTable S2論文2:A neural mechanism for learning from delayed postingestive feedbackRichard PalmiterParabrachial CGRP がCTAに効いてるというNeuronの仕事慈恵の渡部さんの仕事Hailan Huの2報 1 2 (と言ってたら10/18に続報がまたNに)リチウムはこれとHailan Huが混乱してた感じが 萩ジョセリンのexcitability-based allocation selection同じ路線の質問応答をマークのポスドクとイラーナがtw上でやってた。cAMPはありそう。萩Mark AndermannMarkAndermannの興味が(Sリバレスとのコラボで)そちらに向いてた遅れて反応するVTA細胞もいるというZachKnightの仕事論文3:Brain-Derived CCN3 Is An Osteoanabolic Hormone That Sustains Bone in Lactating FemalesIngrahamラボAmrosiラボIngrahamラボの前報冬眠っぽい表現型が出るセルタイプ宮道先生のグループによるARC Kiss1の閉経後ダイナミクス苅郷さん論文4:Point of View: Beware ‘persuasive communication devices’ when writing and reading scientific articles日本の時にやってた仕事Orchestrateしてるかは怪しい仕事RabiesのSci Adv論文、supplementary notesNatureのアブストの書き方指南この前の北沢さん回 Editorial Notes: 風邪治りたてで喉がダメでした…すみません。15 Stepって一発録りだったんですね(脇)爆発音ビビりました。銃声より全然デカかった。記念に残してます。(萩)
#66 Timestamping academic life events onto podcast sequels - Part 2
14-10-2023
#66 Timestamping academic life events onto podcast sequels - Part 2
定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro) のデンマーク・DANDRITE生活1年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録) Show Notes (番組HP): 北沢さんラボ北沢さん過去エピソード 1 2 3神経科学学会2023FMIでの仕事新潟の脳研とのシンポジウムで帰った時の写真DANDRITE竹内さん米原さん三國さん佐藤大祐さん蚊のラボ(熱帯医学講座)Sadegh Nabavi最近のスイスの滞在許可の言語要件北沢ラボ研究テーマ:vivoのmemory formationを最新ゲノミクスで+ゲノミクスの最新技術を作ろうスナップショットを越えようとする例。その1 その2 その3 その4Erin SchumanChao SunChao Sun 論文、シナプスシングルタンパク質イメージングBrain Prize 2023Michael GreenbergErin Schumanの歴史 Npas4は両方やってそう これですか?Arcもやってそう: vivoではArcは一度上がったらずっと上がっているかもBito先生あたりで一度言われていたThomas KimSeth BlackshawSageghが出してたFrontierMolecular BrainBioRxivに出ている OptoでLTPのnature Fens-Kavli scholarsFKNEのコミュニティサービス業務の一つ:PhD awardにギリで落とされた萩原Denis JabaudonJohannes GaeffGuillermina López-BenditoFlavio DonatoTomas Ryan収録後に実際にボルドーのFens-Kavliカンファに参加して、Keynoteで来ていたSheena Josselynともちょっと仲良くなりました!FENS (Federation of European Neuroscience Societies)  ボルドーニューロキャンパスボルドーの高橋さんJulienJulienの2022ScienceCyril HerryFilippo RijliNikolas KaralisParisBrainInstituteオーサーシップの複雑なScienceAdvances論文Breathingの仕事 ジャーナルクラブ: Neuronal FOS reports synchronized activity of presynaptic neurons 前回のJCで読んだGreenberg Harveryの仕事のNR回Thomas OertnerDRGをモデルにつかった古典の例 あと、これとか2013年の最初のTRAP論文カルシウムから転写までのシグナルに触れたレビュー。その1 その2TTX存在下でのHigh Kによる転写制御のGreenbergランドマーク的論文 その1 その2 収録中Fig4でのロジックをどうしても解読できてなかったのですが、収録後になんとなくわかりました。活動・カルシムの下流のシグナルを阻害してもFosが変化しないので活動が自律的にFosを誘導していないという風な文脈なんですね。ただ、阻害されたシグナルが活動特異的なものでは特になく、しかも活動の下流を全部つぶしたわけではない(CamKとか)ので、データだけフラットにみると有名なシグナルをcherry pickにいくつか阻害したけど結論が出ませんでした的な感じの印象が強くなってしまいました。活動だけで特異的に駆動されるシグナル (のモジュール) とかがあると助かるんですけどね。。。 (北沢)Gi-DREADDの作用機序は結構複雑:Rothのこのreviewがわかりやすくまとまってるリリースを阻害するテタヌストキシン軽鎖 (TeNT Light Chain)Francesco FerragutiFred Gageのところで作られたDGとCA1をFACSで分けるプロトコルKaz Tanaka / Tom McHughの仕事が引かれていないDavidのGeorgの海馬の方 (4年くらいbRに放置)DavidとGeorgのV1の方 (reviewを経て謎の新興ジャーナルに)北沢さんらがミスったbioRxivの引用 (3人目以降のオーサーが落ちるのが共通?)Bito先生がDeisserothと昔やった仕事Richard TsienCREB周りは、0.1Hzでのリン酸化CREBの免染をしてくれるだけでだいぶ理解が深まるのになーということをコメントしようと思っていて忘れていました。MAPKやCamKシグナルに関しても同様なのですが。北沢CREB屋さん、Josselyn Editorial Notes: 文献検討を加えたことでだいぶ中身ができましたねー。Fens-Kavliネットのハイライトはシーナジョセリンとの初邂逅でしたが、実は彼女は僕がDANDRITEポジションに応募した時のプロポーザルを外部レビューしていて、僕の方向性はしっかり把握していたことが発覚。ERCのプロポーザルはヨハネスグラフに回っていたし、基本的に情報は漏れまくる覚悟が必要ですね!(北沢)BTSPの刺激プロトコルより長いタイムスケールの人工的な刺激でこういうことが起こるの面白いですね。ところでSanta CruzポリクローナルのFos抗体って一回ディスコンになったはずですけど復活したんですかね…?Fig. 5,6 でSynaptic Systemsの異なるFos抗体2種類を使ってるのも若干気になります (脇)北沢娘から2人称「あなた!」で呼ばれてたのを思い出して懐かしい気持ちに。多分”You”の直訳なんだと思う。Fosの抗体に関してはディスコン直前に買い込んでたらしい。で、使い切ってSySyのrat?に切り替えたとの談。僕は253に切り替えたけどそちらもディスコンだろうか...(萩)
#65 Dual-career PIs in St. Louis
28-09-2023
#65 Dual-career PIs in St. Louis
Washington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん(@feynman1104)と井上清香さん(@s_k_inoue)がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど(9/5 収録) Show Notes (番組HP): ジョブハント編 アメリカでPIになる: 井上さんによる就活日記。これを開きつつ聴くのを推奨井上さんNR過去出演回 1 2 3尾藤研Deisseroth lab(D-lab)昌俊さん過去の仕事森憲作先生Nirao Shah lab清香さん過去の仕事WashU, Radiology, Biophotonics Research CenterWashU, PsychiatryRent vs Buy苅郷さん(NR出演回は上述の過去出演回3)加藤さんのNR出演回ChRmine論文R1大学全米大学協会言い忘れてましたが、主にMSTPプログラムがあるところに応募しましたオススメ日本の就活YouTubeビデオ:コレやアレ (注)あくまでも息抜きに見てください。オススメ英語の話し方YouTubeビデオ:この方のチャンネルは、アメリカでのキャリアディベロップメントに役立つスキルが沢山学べます。(清)2nd authorになってるやつHarvardでAffirmative actionが違法にStanfordのDEI関連ポスドクコミュニティNeuroMatch Academy Stanfordで教育の活動、BioBuds:自分の研究について1コマ喋ることができる、シラバスにも載っているプログラムがあります。(清)Bay area近辺の小学校に行っていた活動:SiEStanford, 中学校でやるやつの募集:Stanford Brain DayTalia LernerTaliaのtips内規、例えばコレとかソレとかアレ。WashUのSchool of Arts and SciencesWashUのNeuroscience Community新しく作られるNeuroscience Buildingステロイドホルモンが神経回路にどう影響するか、どう薬に応用するか? Active Researchはこちら”中西部サボテン”の回 (誤った認識に基づいた偏見です、本当にすみません… 脇 ネタとして楽しんでます…清)WashU 日本人Alumni: セントルイス・ワシントン大学の教員廣川先生早石修先生 追悼インタビュー岡崎令治先生岡崎フラグメント 1 2Arthur Kornberg 新ラボ宣伝編 WashU RadiologyでPET scannerが開発された (昌、追記)WashUはPET開発が盛んChRmine, ratでtranscranial stimulationPhotoacoustic imaging, 脳への応用は例えばこれShapiro labマウスの更年期障害モデル井上さんがやっている摘出系宮道先生が最近出された年齢を重ねるにつれてARC kissのActivity dynamicsが変化する、の仕事  Ageに伴いEstrous cycleがAcyclicになっていく(Fig2)。この1つのFigだけでも仕事量がすごい。(清)FDA approved 産後うつ治療薬 Zuranolone (SAGE-217/BIIB125)WashUのInternal Funding これでも一部なのです!(清)Photoacousticのコアの装置装置開発しているラボ@biomedical engineeringWash U のNeuroscience RetreatUnitedの上級クレカ 追記(昌)、Green card holderなら、Priority passとGlobal entryペアがベストではと思います。モンサントシグマアルドリッチセントルイスの水運と発展の歴史WashU 1853年創立Weee!(まささんreferral)セントルイスの治安、エリア別 北側と東側が街全体の犯罪率を釣りあげているセントルイスは住みやすい2010年とやや古い資料ですが、羊土社のWashU在籍日本人ポスドクへのアンケートバドワイザーセントルイスピザ彼を知り己を知れば百戦殆からず:Future PI SlackJob Applications 2022-2023 North America onlyNeuroJobs Editorial Notes: 自分のを改めて聞きましたら、緊張のせいか(?)あまりにも淡々とした生真面目なトーンすぎて、これではPrescreeningインタビューでの通過が怪しい感じが…。次回以降も呼ばれるようにYoutubeを見て話術を鍛えなおします。(昌)NRのお二人は本当に良いコンビで、またまた楽しくお話しさせて頂き、ありがとうございました 。Faculty jobを得るまでには、本当に多くの方々よりアドバイスやサポートを頂きました。心から感謝するとともに、自分も恩送りをしたいと思っています。お気軽にご相談ください。またS Inoueラボは絶賛ラボメンバー募集中です!興味がありましたら、こちらもお気軽にご連絡ください。(清)ワシントンが偉人すぎて地理的感覚が…ちなみにマサチューセッツ州にもワシントンがあります。初期ゲストが伏線回収していく姿を収録できて感激です、ありがとうございました!またよろしくお願いします。 (脇)UWはユーワシュじゃなくてユーダブです、紛らわしい。ちなみにDEIの話とかしてるのにケビン・スペーシーはどうなのよ...という感じですが、American Beauty派です (萩)
#64 Foraging for the Sun
23-09-2023
#64 Foraging for the Sun
UF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori,  gmail)がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など(8/27 収録) Show Notes (番組HP): 服部さんGoogle ScholarUF Scripps Institute Neuroscience Department HPTakao Hensch labTakaki Komiyama labFビザのOPT坂野仁先生インタビュー中島さんNR回Venkatesh MurthyCatherine DulacNadine GogollaArmenise: ハーバード医学校の神経科学のラボが多く入ってる森下さんTania BarkatbioRxivになっているCross Modality その1 その2Uchida先生Daniel PolleyAdam Kepecs牧野さんのNN論文Simon ChenのNN論文2017 Nature Communications, Eun Jung Hwang et al最初に出しているInhibitory Neuronに関するレビュー論文小宮山ラボでのCell 2019論文牧野さんが最後の方にやってた課題Schnitzer研のCrystal Skull服部さんの手術法論文  ガラスを曲げていない分、ガラス窓はSchnitzer研のものより小さいです by 服部サットン本基礎は本で勉強(例1、2、3、4)PatchWarp論文牧野さんのNRインタビュー小宮山ラボでのNeuron 2022論文Harris, Steinmetz, Stringer, Pachitariuらの分散論文1、2Anne Churchlandの分散論文Meta-learning論文:in press の OFC論文のこと2019年のBari et al.Jeremiah CohendPCAを使った論文bonsaiDale則AutismのCareer Transition Award (Simons Foundation)J1 Waiver: J1 VISA2年戻らないといけない義務を免除する手続き (日本人の場合、J-1ステータス中に海外学振等のgovernment由来の助成金を受給した人が対象)San Diego のスクリプス研究所UFによる$100でのフロリダキャンパス買収  UFの病院組織の関連施設という位置づけでの合併なので、UFのメディカルスクール等の傘下に入ったわけではなく、研究所としては変わらず独立して運営されています by 服部スクリプスのPhDプログラムの詳細フロリダ大学のAI研究・教育への取り組み強化に関する記事Stefan Leutgeb佐々木先生MPFIFitzpatrickUCSDのスクリプス海洋研究所パッチ: Patch-foragingと呼ばれる、よりethologicalなexplore/exploitation課題のことCindy PooChris Harvey吉良さんCarlos BrodyDavid Tankヒヨコによる数認識ミツバチ等の虫による数認識サル・カラスによる数認識Unity  人気のゲーム開発エンジンの一つ(使用例)UnityはAIベンチマークによく使われるScrippsのStipend  リンク先には2023年度のStipendレートがのっていますが、2024年度は収録内で言及したレートにする方向で調整中らしいです(まだ確定ではないと思いますが)by 服部Warren AlpertのAwardWarren Alpert, 服部さんのページSimonsのAutism  (補足:リンク先では給料が70kになっていますが、2023年度からは85kです。応募資格や募集領域は、各財団で年度ごとに変更される可能性があります。応募を考えている方は最新の情報を各財団のHPで確認してください。 by 服部)SimonsのSystems Neuroscience, Computation NeuroscienceSimonsのAging, PlasticityBurrough wellcome fund (ヨーロッパの財団かも?って言ってたのは、ばっちりアメリカの財団でした by 服部)Branco Weiss Fellowship (これはブリッジングというよりはPDでも独立後でもどっちもいけるタイプ 萩) Ediitorial Notes: 長い時間インタビューしていただきありがとうございました!大学院時代とポスドク時代を振り返る、良い機会になりました。大学院やポスドクでの留学、アメリカでのジョブハント等を考えている方々の参考になれば幸いです。フロリダでのラボメンバーも大募集中なので、興味のある方はできるだけ早めにメールでコンタクトをとってくれると嬉しいです!ポスドク募集の詳細はこことかここを参照してください。フロリダは日本の沖縄みたいな気候・環境でディズニー等も近いので、私生活も結構楽しめると思います。僕は生き物が好きなので、面接中に研究所内のヤシの木にグリーンイグアナがへばり付いているのを見て感動しました。(服部)チャールズリバーにかかる橋を自転車で渡るのは爽快で気に入ってます(ただし夏に限る)。冬はケンブリッジキャンパスとメディカルキャンパスを繋ぐシャトルバスが出ていて便利、大学のIDが無いと使えませんが (宮脇)そのまま東大に残って生物・神経系に進んでいたら服部さんと同期だったようです。僕も理1ドイ語クラスで毎日ビブってましたが、(根が真面目な訳ではなく)7:3くらいで再受験用の受験勉強していたので人生の暗黒期でした。(萩原)
#63 Beyond predictions - Part 2
09-09-2023
#63 Beyond predictions - Part 2
古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP+LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など(9/2 収録) Show Notes (番組HP): 予測誤差タスク時のV1神経回路活動に関する最新プレプリント SWCのブログ記事予測符号化に関するKellerとMrsic-FlogelのレビューKellerのnn 2016Tian et al.Tirin MooreRobert WurtzLatencyによるAttentionがかかる議論の具体例1 (by Wurtz) と例2 (by Desimone)Floris de LangeはPrediction-ErrorはHigherだって言っているAlex AttingerLisa GiocomoUchida labKim et al., Cell 2020Sensory Prediction Errorの際のReceptive field を見る(ArisじゃなくてPowelでした)Oddball 課題Marinaのタスクでもオフレスポンスを見ていた (Cortical top-downはL1aとb両方でした by 古) Randy Bruno の仕事あとBurkhalterのL1 inputsのsegregation論文もありますね。(古)Alison Barthの仕事Carl Petersenの仕事Rabiesの仕事SST44, Chris HarveyのヤツNuno Macarico da CostaAllenのEM, VIPは一部のSOMにしかいってないScanzianiのスライスのデータ(Inhibition of inhibition, nn)Marina Garrettの論文がNatureに送られたCrick InstituteOxfordのDPAG (Department of Physiology, Anatomy & Genetics)Bob DattaロブションのマッシュポテトのレシピDistributed decision makingNeuroscience Needs Network Science(Pan-)Expansion Microscopyを上手く使えば?R. Clay ReidIlana Witten藤島さんの回齋藤さんめっちゃ活躍してる五十嵐さんのNR回 1 2&3 4 Editorial notes: NRをお聴きの方々にとって有益な情報を盛り込めた気は全くしませんが、収録はとにかく楽しかったです。こいつなんか楽しそうにやってんなーぐらいに思っていただければ本望です。(古)予測誤差シグナル研究中に予想とは異なるデータが観測されるの、目の前の研究が自分の脳の理解に直接つながる感じがして楽しそうです (脇)しょーへー氏的にはダークナイトなんだろうけど僕はメメントとインセプション派。まあトランセンデンス以外は全部好き。まだオッペンハイマー観れてない...のでImaxがすくのを待ってます (萩)